Dans le premier épisode de Pokémon : Méga Evolution, Alain, un jeune dresseur qui veut devenir le plus puissant en affrontant toutes les Méga Evolutions, a rencontré Martine, une dresseuse débutante. Elle l’accompagne désormais, dans le but de, elle aussi, “méga évoluer”. Dans ce deuxième épisode, Alain et Martine sont à Hoenn, en compagnie de Pierre Rochard.
Une ancienne tablette en bois a été découverte : elle parle d’un énorme menhir, qui serait à l’origine de la Méga-évolution. Dans le but d’en apprendre plus sur celui-ci, Alain, accompagné de Martine, s’est rendu à Hoenn pour explorer des ruines. En chemin, ils rencontrent Pierre Rochard, le maître de la Ligue d’Hoenn. Alain remarque qu’il porte une gemme sésame, et le défie. Un duel s’engage alors entre Méga-Métalosse et Méga-Dracaufeu X. Le combat est féroce, mais il est soudainement interrompu par un Lance-Flamme. Il provient d’un Némélios, qui appartient à Lysandre. Celui-ci est le “directeur” d’Alain ! Le jeune dresseur enquête en effet sur les méga-évolutions pour les laboratoires Lysandre. Cette entité s’intéresse à l’énergie émise par les Pokémon lorsqu’ils méga évoluent. Ils émettent en effet énormément d’énergie, et Lysandre se demande si celle-ci pourrait être utilisée à des fins pacifiques.
Martine demande à Alain qui est Lysandre pour lui, et s’il est plus important que le professeur Platane. Il se plonge alors dans ses souvenirs : c’était l’assistant du Professeur. Il est parti en voyage avec son Salamèche pour rassembler des informations sur la Méga-Evolution. Il est néanmoins resté en bon contact avec le Professeur, jusqu’à ce qu’il tombe sur Lysandre lors d’une exploration dans des ruines. Il visitait ces anciens bâtiments dans le but de trouver une Méga-gemme. Lysandre est alors arrivé, et lui a proposé une Pharamphite en échange d’un duel. Alain perd, mais il accompagne Lysandre. Celui-ci lui propose alors une gemme sésame pour lui et une Dracaufite, et en échange, il doit travailler pour lui dans le but de devenir plus fort et de collecter des informations sur la méga-évolution.
Lysandre demande à Pierre s’il a vu une ancienne tablette. Et heureux hasard, le maître dispose de l’autre moitié de cette antiquité ! Ils partent alors ensemble explorer les ruines. Pierre a trouvé cette tablette pendant ses voyages qu’il accompli dans le but de découvrir les racines ou les origines de la Méga-évolution. Celle-ci parle d’une mégalite (mélange de méga et de monolithe). Avec les deux documents, ils disposent de tous les indices nécessaires pour trouver cette pierre.
Ils se dirigent vers la porte, et les documents indiquent qu’il faut deux gemmes sésame pour ouvrir la porte. Alain et Pierre utilisent alors leurs gemmes pour faire apparaître un nouveau chemin. Ils arrivent ensuite dans une salle vide, avec deux autels. Alain et Pierre utilisent à nouveau leurs gemmes et… une énorme pierre lumineuse apparaît, la Mégalite est là ! Lysandre appelle alors son équipe pour qu’ils viennent l’étudier.
Tout se passe bien, mais soudain le ciel s’obscurcit… et Rayquaza arrive, et il est furieux ! La Mégalithe brille encore plus, et Rayquaza méga-évolue lui aussi ! Dans les profondeurs d’Hoenn, deux légendes se réveillent : Groudon enfoui au coeur de la terre, et Kyogre, endormi au fond des océans. Méga-Rayquaza attaque Lysandre et les autres. Alain et Pierre envoient leurs Pokémon pour le défier, mais ils ne sont pas de taille face à lui. Rayquaza utilise Draco Météor pour protéger la Mégalite, qui se dissout et disparaît. Il semblerait alors que ce légendaire et cette pierre soient liés d’une certaine façon.
Une fois le calme revenu, Lysandre apprend aux autres que des vagues d’énergie ont été perçues au large des côtes de Mérouville. Lysandre demande à Alain d’enquêter. Pierre les accompagne aussi. Pokémon Méga-Evolution 3 va alors continuer à Hoenn, où Alain, Martine et Pierre vont partir à la quête de l’étrange Mégalite…
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| Pays | Titre | Diffusion | |
| Japon | ポケットモンスターXY特別編 最強メガシンカ ～Act Ⅱ（アクトツー）～ Pocket Monsters XY Special Episode: The Strongest Mega Evolution ~Act II~ | 06/11/2014 | |
| Etats-Unis | Mega Evolution Special II | 07/02/2015 | |
| France | Pokémon : Méga-Évolution 2 | 06/05/2015 |
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| Numéro | Numéro total | Titre de l’épisode |
| Episode Spécial | PME001 | Pokémon : Méga-Évolution 1 |
| Episode spécial | PME002 | Pokémon : Méga-Évolution 2 |
| Episode spécial | PME003 | Pokémon : Méga-Évolution 3 |
| Episode spécial | PME004 | Pokémon : Méga-Évolution 4 |
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