Durant toute l'aventure, vous devrez infiltrer pas moins de 20 dépôts secrets appartenant au Bataillon Phobos.
Comme il vous est expliqué dans le tutorial du jeu, le Bataillon Phobos a volé de nombreux Pokémon, votre mission étant de récupérer ces Pokémon à l'aide du Rayon Link.
Dans ces dépôts, vous devrez linker tous les Pokémon, jusqu'à ce qu'il n'en reste plus. Leur nombre peut varier de 70 à 500. Vous aurez, dans chaque dépôt, un score à atteindre pour obtenir des pièces, qui vous serviront chez M.Foo.
Mais le but principal de ces niveaux est évidemment de linker des Pokémon rares, en général au nombre de 3 par depôt.

Vous trouverez aussi 5 dépôts géants, qui comportent beaucoup plus de Pokémon, et demandent un score bien plus élevé pour obtenir une de ces fameuses pièces.

A la fin de chaque infiltration de dépôt, et après le link final, vous pourrez gagner un bonus, selon le nombre de Pokémon restant à l'écran, allant de 20.000 à 0 points. Ces derniers vous seront indispensables pour obtenir les pièces, qui se révèleront logiquement de plus en plus difficiles à obtenir, au fur et à mesure de l'aventure.