La saison 3, Voyage à Johto, est consacrée au début du voyage de Sacha dans la nouvelle région de Johto… Durant cette saison, Sacha découvrira des dizaines de nouveaux Pokémon issus des jeux vidéo Pokémon Or et Argent. Il en capturera plusieurs tels que les Pokémon de départ de Johto, Germignon, Kaiminus et Héricendre, ou encore un Noarfang shiney. Il affrontera à Johto les défis des premières arènes, où il récoltera 3 badges, toujours accompagné par Pikachu, Pierre et Ondine…